O protagonista é um rapaz chamado Okumura Rin que tem dentro dele o sangue de um demônio. Um dia, surge repentinamente na sua frente o demônio Satan que diz ser seu pai e planeja levá-lo até o mundo dele. Nesse instante, o pai adotivo de Rin, que é um famoso exorcista, arrisca sua vida para salvá-lo e acaba morrendo. Culpando sua própria fraqueza, Rin decide entrar para o colégio de cavaleiro templário e agora está determinado a se tornar um exorcista.
Dez anos depois da Guerra Santa em Hong Kong, Mochizuki Jirou, também conhecido como Silver Blade (Lâmina Prateada), e o herói solitário que lutou e derrotou as Kowloon Children apesar da perda de sua amada, retorna ao Japão como seu irmão mais novo, Mochizuki Kotaro. Os dois rapidamente descobrem que as Kowloon Children que sobreviveram a Guerra Santa estão buscando se infiltrar na "Zona Especial"- uma cidade próspera protegida por uma barreira invisível que não permite a entrada de Kownloon Children-a não ser que eles sejam convidados. Red Blood (Sangue Vermelho) se refere aos humanos; Black Blood (Sangue Negro) são os vampiros, e os Irmãos Mochizuki são Old Blood (Sangue Antigo)- os ultimos descendentes de um clã de elite de vampiros. Quando Kotaro é abduzido por uma das Kowloon Children, Jirou não tem escolha a não ser lutar mais uma vez.
A história ocorre a partir do ano de 2010. Na pífia introdução da série vemos Britania, um império colonialista, tomar conta do Japão por meio da força, usando mechas de nome Nightmare Frames, arma para o qual o Japão não estava preparado. Vencidos, os japoneses são designados "11", uma nova área sob controle de Britania. Ao mesmo tempo, somos apresentados a Lelouch Lamperouge e Suzaku Kururugi, ainda duas crianças. O primeiro jura destruir Britania a qualquer custo.
O episódio inicial já é o suficiente para saber a que veio a série. Lelouch, já com 17 anos, ajuda duas pessoas acidentadas, acaba se envolvendo com elas e, consequentemente, é acusado de terrorismo. Os dois terroristas carregavam uma arma roubada de Britania que sequer sabiam para que servia. Logo mais, Suzaku, agora soldado sob o comando de Britania, surge para auxiliar Lelouch e acaba alvejado. Os soldados de Britania, contando também com japoneses, atacam os terroristas nos guetos onde vivem os "11" (que foram excluídos da sociedade e do poder político que se instaurou, muitos se tornando apoiadores das células revolucionárias), exterminando qualquer um que se interponha, a fim de recuperar a arma roubada. Lelouch, se refugiando nesses guetos e prestes a morrer, já ciente que a “arma” era, na verdade, uma garota, vê esta lhe conceder um poder aparentemente absoluto: a capacidade de controlar a mente de qualquer um, bastando para isso olhar diretamente para a vítima. O nome desse poder é "geass".
Watanuki Kimihiro é um jovem com uma maldição. Ele tem a habilidade de ver espíritos demoníacos, e algo os atrai para ele. Um certo dia, ele acaba chegando à loja de uma misteriosa mulher que se apresenta como Yuuko. Ele pede para que ela resolva o seu problema, atendendo à seu desejo... mas o preço para tal realização é muito alto, o que força o rapaz a passar a trabalhar para ela. Neste lugar, muitas coisas fora do comum costumam acontecer...
Lain Iwakura é uma estudante tímida, bem fechada e com poucos amigos. Sua mãe é uma pessoa extremamente seca, que fala pouco e não dá muita atenção aos problemas da filha. O pai, apesar de mais expansivo, também tem dificuldades de comunicação com Lain, e procura reduzir a distância entre ambos através de bens materiais. As coisas começam a tomar um rumo diferente quando Lain passa a receber e-mails de uma garota chamada Chisa Yomoda, em seu telefone celular, dizendo que o mundo virtual (Wired) é que representa a realidade, e não o mundo em que vivemos. Seria um fato corriqueiro, um possível "hoax", não fosse um pequeno detalhe: Chisa está morta há algum tempo... seria possível que ela estivesse viva dentro da Web? De acordo com suas palavras, ela não era a única pessoa na mesma situação.
A partir daí, Lain passa a se interessar mais e mais pelo que acontece dentro da rede, e nesta busca incessante por informações, vai descobrindo que o limite entre o mundo real e o virtual é menor do que imagina. Até mesmo a natureza de sua própria existência é colocada em xeque: quem é Lain, afinal? Uma pessoa? Um ser virtual? Ela existe em nosso mundo teoricamente real e palpável, ou sua verdadeira personalidade é aquela que existe no mundo teoricamente virtual?
